La carrera de Agronomía de la UC Temuco fue creada en marzo del año 1995, como resultado de un estudio de demanda del medio regional y como una evolución natural de la carrera de Técnico Universitario en Producción Agrícola (TUPA) que se dictaba en esos años. La carrera de TUPA se creó en el año 1989 con apoyo de la entonces casa central de la Pontificia Universidad Católica de Chile. Con la autonomía de la institución en 1991, la Universidad comienza un proceso de creación de nuevas carreras, diversificando su oferta desde carreras pedagógicas a carreras profesionales y técnicas. Desde sus orígenes, la unidad ha seguido los lineamientos establecidos para las carreras de Agronomía de las Universidades pertenecientes al Consejo de Rectores.  Además, la carrera de Agronomía forma parte del Consejo de Decanos de Agronomía de Chile, dependiente del Consejo de Rectores de la Universidades Chilenas  (CRUCH).
 
En los primeros años, las actividades académicas se concentraban en el campus San Francisco, en el entonces Departamento de Ciencias Agropecuarias, inaugurado en agosto de 1994.  No obstante, la mayoría de las actividades prácticas se concentraban en el Campus Norte, el cual a diferencia de lo que ocurre en la actualidad se utilizaba exclusivamente para actividades de investigación y extensión en cultivos y ganadería. En el año 2003 la Escuela de Agronomía se traslada al Campus Norte, en donde se establecen sus oficinas, salas de clases, laboratorios, invernaderos,  biblioteca e infraestructura para los estudiantes.  En ese mismo año, la carrera se somete al proceso de acreditación, siendo acreditada por primera vez, constituyéndose en una de las primeras carreras en acreditar a nivel nacional. Posteriormente, en el año 2005 vuelve a ser acreditada por un periodo de 3 años.  En el presente año la carrera ha sido acreditada bajo los criterios del Arcu-Sur por un periodo de 6 años (2010-2015).
 
Es relevante mencionar que durante los años de funcionamiento de la carrera y hasta la fecha, algunas de las actividades o proyectos en los que han participado docentes y/o estudiantes del Programa corresponden a: